Introducción:
Un tiempo después, Zero, Ciel y una patrulla de la resistencia se dirigen a las montañas a explorar una extraña nave espacial que ha caído hace poco y que emite el mismo rastro de poder que tiene la Elf Oscura. Zero se dirige para la zona de la nave, mientras escucha una voz que lo llama. Una vez dentro, Zero encuentra a unos lastimados Leviathan y Fefnir, Guardianes de Neo Arcadia, enfrentándose en un combate contra un robot gigante llamado Omega. Zero se enfrenta a Omega, derrotándolo, sin embargo, este se recupera. Justo en ese momento, Harpuia aparece y logra atacar a Omega y lastimarlo, pero aparece el Dr. Weil para detener el enfrentamiento y revelar que tanto él como Omega ahora son parte de Neo Arcadia, ya que Copy X ha sido reconstruido por Weil y planea obtener el poder de la Elf Oscura.
La misión de Zero es evitar que Neo Arcadia se haga con el poder de la Elf Oscura. Sin embargo, después de derrotar a algunos enemigos, Zero se encuentra con los Baby Elfs quienes quieren recuperar a su madre, por tanto se alían con Weil. Para hacer más drástica la situación, Weil lanza un misil a un área poblada por humanos para forzar a la Elf Oscura a revelar su paradero. El misil deja muchos destrozos... y el camino libre para que entre Omega y absorba la Elf Oscura. Harpuia aparece para ayudar a Zero, ya que considera que atacar a los humanos es contrario al objetivo inicial de X de protegerlos. Ambos son lastimados por Omega, y teletransportados a la seguridad de la Base de la Resistencia por Ciel.
A continuación, Copy X ofrece a Ciel una salida pacífica si entrega su nuevo sistema de energía, "Ciel System (Sistema Ciel)"; pero este poder en conjunto con la Elf Oscura podría ser muy peligroso y Ciel se rehúsa. Acusándola de mantener un monopolio forzado sobre los recursos energéticos, Copy X ordena la invasión de los territorios de la resistencia y es misión de Zero defender la zona. Como resultado de esto, Zero debe enfrentar nuevamente a Copy X, y con la ayuda del Cyber-Elf X Zero sale victorioso nuevamente. Copy X intenta transformarse a su modo Seraph, pero al hacerlo activa una bomba que Weil le había implantado, destruyéndolo de manera definitiva. Weil usa el incidente para acusar a la Resistencia de terrorismo y autoimbuirse como líder de Neo Arcadia. Zero piensa que los humanos están demasiado absortos en la vida fácil de Neo Arcadia como para defenderse por su propia cuenta.
Con la ayuda de X, Zero descubre datos fidedignos indicando que Weil planea usar a Omega para iniciar una nueva "Guerra Elf", que fue empezada hace 100 años. En esta guerra, Weil "contaminó" de alguna forma a la Elf más poderosa, que se volvería la Elf Oscura. Zero decide terminar de una vez enfrentando a los Elfs Oscuros que ocultan el camino a la base secreta de Weil.
Zero llega a las instalaciones de Weil donde debe enfrentar a Omega. Zero enfrenta a dos versiones de Omega, derrotando a ambos. Cuando el segundo enfrentamiento los lleva al mismo laboratorio en el cual Zero estaba capturado (al inicio de MegaMan Zero 1), Weil revela que Zero es en realidad "Copy Zero", y que Omega es el Zero Original con sus poderes llevados al maximo por la Elf Oscura. Al final Zero derrota a Omega Zero, pero este deja a Zero muy lastimado. Omega Zero empieza a recuperar sus fuerzas con la ayuda de la Elf Oscura, pero en ese instante aparecen los Guardianes y dejan maltrecho a Omega Zero de nuevo, mientras ellos alientan a Zero para que destruya a Omega Zero mientras puede. En ese momento, X aparece para revelar una verdad aún más profunda: durante las Guerras Elfs, después de derrotar una vez a Omega, Zero debía ser reparado por lo cual su conciencia fue movida a un cuerpo de soporte. Pero Omega se hizo del cuerpo original de Zero. Por tanto, Zero no es una copia sino el Zero real. Zero destruye su cuerpo original para asegurarse que los poderes de la Elf Oscura no puedan ser contaminados de nuevo. Después de destruir su cuerpo original, Zero se desmaya, y despierta en la base de la Resistencia. la Elf Oscura se reinstaura en su energía y se vuelve de nuevo la "Madre Elf".
Al final, Zero queda con un cuerpo maltrecho, y X le revela que ya no le queda energía para subsistir en este mundo. La despedida entre los dos es un monólogo de X donde le recuerda a Zero que aunque su cuerpo sea una adaptación, el corazón es lo que cuenta.
Información:
Idioma: Español
Servidor: Mega
Género: Acción
Jugadores: Un Jugador
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