Introducción:
Tras cumplir con su objetivo en la Bottleship en Metroid Other M, Samus continúa sus investigaciones espaciales con la Federación Galáctica. En una misión de investigación, Samus es corrompida con un virus parásito llamado X, que se queda en su cuerpo. Samus, al pensar que no es nada grave, vuelve a su nave. Pero, por el camino, Samus queda inconsciente y su nave se desvía hacia un cinturón de asteroides donde se estrella y estalla. La Federación Galáctica consigue salvarla, pero el parásito X sigue expandiéndose. A los miembros de la federación sólo se les ocurre utilizar el DNA de la última cría de Metroid, con lo cual salvan a Samus ya que los metroides eran los principales depredadores de los X. Además el traje de Samus cambia dramáticamente debido a las operaciones quirúrgicas que le hacen al intentar extirparle el parásito X, ya que no podían quitarle el traje estando inconsciente.Así, Samus continúa sus viajes con una nueva nave y es informada de que una estación en el planeta SR-388 ha sido atacada y no hay transmisiones. Sin pensarlo dos veces, Samus se dirige hacia allí, con la supervisión de un ordenador al que Samus le resulta conocido. Samus aterriza y llega hasta una sala llamada estación de cuarentena, donde se encuentra con un clon del ser que se encontró en el planeta. Pero esta vez Samus no es corrompida, gracias a la vacuna consigue absorberlo. El ordenador le informa de que el parásito tiene sus poderes originales y que, posiblemente, absorbiendo nuevos tipos de parásitos X recupere todas sus habilidades. Tras acabar sus investigaciones en el Main Deck, el ordenador le informa de su próximo objetivo. Investigar los sectores, a la vez que reúne información para la investigación. De esta forma, Samus recupera sus poderes poco a poco, pero surge un problema: el SA-X. El SA-X es el resultado de los restos extraídos quirúrgicamente de la armadura de Samus cuando fue infectada por el X, también, el SA-X es el responsable del ataque a la estación en SR-388 destruyendo y devorando a los científicos. El ordenador la informa que es un ser exactamente igual a ella con todos los poderes actualizados dado que posee los restos de la armadura; dada la naturaleza nativa del parásito, sobrevivir, está destruyendo todo buscando nuevos huéspedes. En el juego, Samus tiene muchos encuentros con él, uno particularmente muy cercano, pero consigue escapar y/o esconderse.
En un punto de la trama, su ordenador le avisa que hay vida en la estación, con esto en mente, Samus se dirige a dicho lugar donde hay vida aún. Aquí se vuelve a encontrar con los Etecoons y la madre Dachora, que salvó en Super Metroid. Samus al recurrir al ascesor, éste se detiene, debido a una falla de energía. Por el camino, Samus se encuentra con los piratas espaciales indagando el parásito X para poder controlarlo. Por una vuelta del destino, Samus descubre una zona secreta donde se investigaban y crían Metroids. Tras indagar un poco, SA-X aparece intentando destruir a los Metroids (recordar que el SA-X es un parásito X y, por tanto, su enemigo natural es el Metroid) y los Metroids logran detenerle, sin embargo, el sistema de autodestrucción se activa y Samus logra escapar siendo el SA-X destruido en el proceso.
Pero todavía queda algo por resolver: la misteriosa sala de Metroids y su relación con la Federación Galáctica. El ordenador, luego de una gran insistencia por parte de Samus, le dice que la federación ha estado investigando a los Metroids con fines evolutivos y que el SA-X sigue vivo, dado que el Parásito X se reproduce por mitosis, el ordenador estima que no hay menos de diez SA-X en la estación. Samus tiene que hallar la forma de destruir la estación para que los SA-X no se expandan. Luego de planear una estrategia con su ordenador, ella lucha contra uno de los SA-X. Finalmente, Samus activa el proceso de autodestrucción de la estación y corre hasta su nave para escapar, sin embargo, un Metroid Omega se encontraba en el hangar. El SA-X aparece intentando acabar con su depredador natural, sin embargo, el Metroid Omega lo extermina demasiado rápido y Samus absorbe el parásito del SA-X recuperando así todos sus poderes.
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