INTRODUCCIÓN:
El juego comienza en el punto en el cual termina el primer juego, pero desde el punto de vista de quienes fueron secuestrados en el primer juego. Después de escapar del incidente del Faro de Venus, Félix y su hermana Nadia, junto con Kraden y Sole. Al llegar a la península de Idejima, se encuentran con Álex. Poco después, una intensísima luz de color amarillo verdoso les deslumbra. El Faro de Venus había sido encendido y el poder de la Tierra se había liberado. Un gran terremoto separa la península de Idejima del continente (además de dañar los cimientos del Faro de Venus), alejándolos de él, y llevándolos mar adentro hacia un continente desconocido para ellos llamado Indra, desde donde deberán planear su viaje al Gran Mar del Oeste, para prender los faros restantes: el Faro de Júpiter y el Faro de Marte.Esto llevará a los protagonistas a recorrer los continentes de Indra y Osenia, además del sur de Gondowan, y luego todo el Mar del Este en busca de Lemuria, la legendaria isla donde no pasa el tiempo, para averiguar cómo cruzar los Riscos de Gondowan por mar y llegar hasta el Mar del Oeste y los nuevos continentes de Hesperia y Atteka. En este último continente sureño se encuentra el Faro de Júpiter. Allí se encuentran con los personajes del anterior juego, además de derrotar a otros dos proxianos, Agatio y Karst (La hermana menor de Menardi, la cual fue derrotada en el Faro de Venus). Al final, todos se unen formando un grupo de 8.
