Introducción:
Un tiempo después, Zero y la Resistencia han enfrentado la amenaza que representa Neo Arcadia y su líder, Dr. Weil. Ahora, los humanos, que vivían en su utopía de Neo Arcadia, han comenzado a observar la maldad de Weil y deciden escapar de la ciudad en busca de un lugar llamado "Area Zero" donde alguna vez se estrelló la colonia Eurasia (evento presente en Megaman X5), como producto de la falta de intervención humana y reploide, la naturaleza ha vuelto a tomar su curso.Weil no está dispuesto a permitir que los humanos obtengan su libertad y envía a su armada de ocho guerreros al mando de un reploide comandante llamado Craft para cazar a los escapados, atacar y destruir Area 0.
Ahora que X ya no puede interferir, Zero debe una vez más enfrentarse a Neo Arcadia para defender a los humanos, pero éstos están cansados de la existencia de los reploides, pues ellos creen que los reploides sólo generan guerras, debido a esto, ellos no confían en Zero ni en la Resistencia. Ignorándolos, Zero decide hacer frente a Craft antes que sus tropas destruyan la naturaleza en el Area 0, para ello debe derrotar a los ocho reploides enviados por Weil.
Al final, todo se revela como una gran distracción que tiene como propósito permitir al Dr. Weil reorientar y terminar una plataforma espacial llamada "Ragnarok", la cual disparará contra Area Zero y con ello destruirá la Resistencia, humanos, reploides y a Zero, dejando a Weil como líder indiscutible. Craft se rebelará ante Weil pues piensa que tal manera de pensar no es la correcta para controlar a los humanos, redirigiendo el cañón a Weil y Neo Arcadia, pero aun así tendrá que pelear contra Zero.
Aunque Zero logra detener a Craft, Ragnarok ya había sido disparado y destruye Neo Arcadia por completo. Zero debe volver a la plataforma espacial para averiguar cómo es posible que la plataforma siga operativa. Zero encuentra a Weil quien le revela que como es un androide modificado para vivir por siempre, no puede morir; el ataque a Neo Arcadia no le afectó. Weil considera que sólo él es digno de dirigir a los humanos y a los reploides y planea demostrarlo estrellando Ragnarok contra la tierra para destruir lo que queda de la naturaleza y convertirse en la única fuerza capaz de preservar a los humanos. Zero decide enfrentarlo para destruir el núcleo de su cuerpo mecánico y con ello detonar a Ragnarok antes que penetre la atmósfera de la Tierra. Pero la batalla se lleva todo de Weil y Zero cuando Ragnarok penetra la atmósfera de la tierra y la explosión del núcleo la desintegra por completo. Ciel, la Resistencia, y los humanos que escaparon hacia el Area Zero sólo pueden observar la lluvia de los fragmentos de Ragnarok y esperar que, tras preservar esta nueva paz entre Humanos y Reploides, algún día, X y Zero regresen. Al final, se ve el dañado casco de Zero, tirado en el desierto con algunos fragmentos de lo que fue Ragnarok. Este último hecho, conlleva a la temática de Mega Man ZX, donde Ciel, utilizando los restos de X (dejados en Megaman Zero 2 cuando Elpizo destruye el cuerpo original de X en la escena y batalla final), los restos de Zero (su casco, luego de que Ragnarok explotara), los restos de los 3 guardianes (cuando los guardianes mueren en la explosión de Omega al ser derrotado por Zero definitivamente) y Phantom (dejados en Megaman Zero 1, cuando Zero lo derrota por segunda vez) crea el Modelo X, Modelo Z, Modelo H, Modelo F, Modelo P y Modelo L, dónde de nueva cuenta se muestra la capacidad de una analogía con X y Zero para absorber poderes enemigos.
